kobo touchは公式スペックでサポートしているのは、EPUBとPDFですが、実際はJPEG画像をZIP/RARで圧縮したCBZ/CBR形式で読むことができます。そこで、手持ちの自炊データをPDFやCBZにしてkobo touchで読んでみました。
手持ちのデータをそのままPDF/CBZにして入れた場合、余白が表示されて文字が小さかったり、色が薄かったり、サイズの大きなPDFだとページの一部が書き換えられないバグがあったり等、読みにくい場合が多いので、kobo touch用に最適化したデータを作成したほうがよさそうです。
私の場合、漫画はCBZ、文庫本、新書はPDFにして読んでいます。
CBZ
・800x600フル画面表示が出来る(漫画の場合ちょうど良い)
・文書情報は書き込めない
・表示が早い
PDF
・750x600表示となる
・ページ番号が表示される
・文書情報をPDFに組み込むと、その情報を使ってライブラリに表示することができる
両フォーマットで注意すべき点は、kobo touchの外部メモリに入れる場合、ファイル名に日本語を使ってはいけないようです。(文字化けしますし、表紙画像が表示できないようです)